これはなかなかわかりにくく気がつきにくい仕様だと思うんですよ・・・。
home
┗ username
┗ public_html
┗ hoge ━ (fooへシンボリックリンク)
┗ foo
こんな感じの構成になっている場合で、fooディレクトリのみ指定した何らかの設定をしたい場合はシンボリックリンクでのパスを記述します。
<Directory "/home/username/public_html/hoge/foo">
php_flag display_errors Off
</Directory>
ついつい実フォルダのパスで「/home/username/public_html/foo」としてしまいますが、これだと設定が有効になりません。